Đầu thế kỷ XIX, Xã Mộc Nam nằm trong tổng Mộc Hoàn, huyện Phú Xuyên, phủ Thường Tín, tỉnh Hà Nội. Ngày 20/10/1890, thực dân Pháp cắt một phần đất của tỉnh Hà Nội và Nam Định để thành lập tỉnh Hà Nam. Chúng cắt hai tổng Mộc Hoàn và Chuyên Nghiệp của huyện Phú Xuyên, phủ Thường Tín cùng tổng Trác Bút của huyện Nam Xang, phủ Lý Nhân nhập vào huyện Duy Tiên. Từ tháng 10/1890 đến trước Cách mạng tháng Tám 1945, Mộc Nam vẫn thuộc tổng Mộc Hoàn, huyện Duy Tiên. Tổng Mộc Hoàn gồm 10 xã: Nha Xá, Yên Lạc, Lảnh Trì, Đô Quan, Yên Ninh, Yên Hòa, Hoàn Dương, Dĩ Phố, Yên Từ, Khả Duy. Lúc này, Yên Lạc thuộc tổng Mộc Hoàn, huyện Duy Tiên, tỉnh Hà Nam.